Optimization of flotation assay conditions for syndapin binding to phosphatidic acid containing liposomes

Magda Piaścik; Jolanta Zegarlińska; Aleksander F. Sikorski; Aleksander Czogalla

doi:10.1515/fobio-2017-0002

Autor

Magda Piaścik University of Wroclaw, Faculty of Biotechnology, Department of Cytobiochemistry
Jolanta Zegarlińska University of Wroclaw, Faculty of Biotechnology, Department of Cytobiochemistry
Aleksander F. Sikorski University of Wroclaw, Faculty of Biotechnology, Department of Cytobiochemistry
Aleksander Czogalla University of Wroclaw, Faculty of Biotechnology, Department of Cytobiochemistry

DOI:

https://doi.org/10.1515/fobio-2017-0002

Słowa kluczowe:

protein-lipid interactions, LUVs, density gradient, ultracentrifugation

Abstrakt

Flotacja jest jedną z najefektywniejszych metod wstępnej identyfikacji oddziaływań białko-błony lipidowe. W większości przypadków wykorzystuje się w niej małe jednowarstwowe pęcherzyki lipidowe, które służą jako modele błonowe i nie wymagają dodatkowych nośników, takich jak membrany czy nanocząstki polimerowe, które są często używane w innych metodach mających na celu identyfikację oddziaływań białkolipid. W poniższej pracy prezentujemy wyniki uzyskane podczas badań oddziaływań kwasu fosfatydowego i syndapiny. Omawiamy także niektóre techniczne aspekty metody, kładąc nacisk na to jak małe zmiany w warunkach metody mogą wpłynąć na otrzymywane wyniki.

Pobrania

Statystyki pobrań niedostępne.

Bibliografia

Bigay, J., Antonny, B. 2006. Real-time assays for the assembly-disassembly cycle of COP coats on liposomes of defined size. Methods in Enzymology, 404: 5–107.

Brian J. P., Kent, H. M., Mills, I. G., Vallis, Y., Butler, P. J. G., Evans, P. R., McMahon, H. T. 2004. BAR domains as sensors of membrane curvature: the amphiphysin BAR structure. Science, 303: 495–499.

Castellana, E. T., Cremer, P. S. 2006. Solid supported lipid bilayers: From biophysical studies to sensor design. Surface Science Reports, 61(10): 429–444.

Czogalla, A., Grzybek, M. Jones, W., Coskun,Ü. 2014. Validity and applicability of membrane model systems for studying interactions of peripheral membrane proteins with lipids. Biochimica et Biophysica Acta - Molecular and Cell Biology of Lipids, 1841(8): 1049–1059.

Guo, L., Mishra, G., Taylor, K., Wang, X. 2011. Phosphatidic acid binds and stimulates arabidopsis sphingosine kinases. Journal of Biological Chemistry, 286: 13336–13345.

Kooijman, E. E., Carter, K. M., van Laar, E. G., Chupin, V., Koert N. J., Burger, K. N. J., Kruijff, B. 2005. What makes the bioactive lipids phosphatidic acid and lysophosphatidic acid so Special? Biochemistry, 44: 17007–17015.

Kunding, A. H., Mortensen, M. W., Christensen, S. M., Stamou, D. 2008. A fluorescence-based technique to construct size distributions from single-object measurements: Application to the extrusion of lipid vesicles. Biophysical Journal, 95(3): 1176–1188.

Maget-Dana, R. 1999. The monolayer technique: A potent tool for studying the interfacial properties of antimicrobial and membrane-lytic peptides and their interactions with lipid membranes. Biochimica et Biophysica Acta, 1462: 109–140.

Qualmann, B., Roos, J., Digregorio, P. J., Kelly, R. B. 1999. Syndapin I, a synaptic dynaminbinding protein that associates with the neural Wiskott-Aldrich syndrome protein. Molecular Biology of the Cell, 10: 501–513.

Quan, A., Robinson, P. J. 2013. Syndapin – A membrane remodelling and endocytic F-BAR protein. FEBS Journal, 280: 5198–5212.

Ritter, B., Modregger, J., Paulsson, M., Plomann, M. 1999. PACSIN 2, a novel member of the PACSIN family of cytoplasmic adapter proteins. FEBS Letters 454(3): 356–362.

Srinivas, S. P. G., Caia, B., Vitaleb, N., Naslavskya, N., Caplana, S. 2013. Cooperation of MICALL1, syndapin2, and phosphatidic acid in tubular recycling endosome biogenesis. Molecular Biology of the Cell, 24: 1776–1790.

Sumoy, L., Pluvinet, R., Andreu, N., Estivill, X., Escarceller, M. 2001. PACSIN 3 is a novel SH3 domain cytoplasmic adapter protein of the pacsin-syndapin-FAP52 gene family. Gene, 262: 199–205.